In seguito ad un conflitto mondiale alla fine del XX secolo, si è giunti al collasso della moderna civiltà e alla totale devastazione ambientale. I sopravvissuti all'olocausto nucleare si sono ridotti a vivere in piccoli assembramenti urbani in oasi in mezzo al deserto, assediati da bande di predoni, che saccheggiano e distruggono tutto ciò che incontrano. In questo scenario si muove Kenshiro, 64º successore della scuola di arti marziali "Divina Scuola di Hokuto", l'Hokuto Shinken. Questa tecnica di combattimento riesce a infliggere colpi all'interno del corpo dell'avversario, convogliando l'"energia" del praticante in particolari "punti di pressione" dell'avversario (detti tsubo). Inizialmente Kenshiro lotta per potersi ricongiungere con la propria fidanzata rapita dal perfido Shin. Dopo Shin, uno degli astri della divina scuola di Nanto, Kenshiro si troverò a dover lottare con altri esponenti della stessa scuola, come Yuda e Sauzer, mentre con Rei e Shu stringerà una grande amicizia. In compagnia dei suoi fidati accompagnatori Bart e Lynn, Kenshiro intraprende il cammino che lo porterà a doversi scontrare con suo fratello Raoul, per decidere le sorti dell'intero mondo.
Alcuni anni dopo lo scontro con Raoul, Kenshiro si troverà ad affrontare la scuola imperiale di Cento, per poter salvare la sua amica Lynn. In seguito il suo destino lo porterà nella sua terra d'origine, la terra degli Ashura, per portare anche lì la pace, minata dalla tirannia di Kaio, il fratello naturale di Raoul. L'anime si chiude con lo scontro finale tra Ken e Kaio.
Differenze tra anime e manga
Ci sono numerose differenze di trama tra il manga e l'anime, ma nessuna particolarmente importante. Nel manga inizialmente Ken affronta i quattro luogotenenti di Shin (uno per ciascuno dei semi delle carte da gioco francesi) e poi Shin stesso. Nell'anime invece Shin ha un esercito molto più numeroso e Ken sconfigge i 4 luogotenenti, mentre Shin scappa con Julia in una città costruita per lei in una località misteriosa. Ken allora inizia un lungo viaggio alla ricerca della città accompagnato da Burt e Lynn. Lungo il cammino affronta alcune bande di predoni e veri e propri reparti dell'esercito di Shin. Una di queste bande di predoni, quella di Jackal, è protagonista di un segmento del manga che però si svolge dopo la morte di Shin, mentre nell'anime avviene prima. La stessa identica cosa avviene per l'Armata di Dio, che nel manga è un'organizzazione paramilitare indipendente, mentre nell'anime diventa una sorta di setta paramilitare dedita all'adorazione di Shin.
Nell'anime c'è l'inserimento di Pell, il cagnolino amico di Lynn, e ci sono alcune puntate riassuntive che ricapitolano brevemente gli avvenimenti degli episodi precedenti.
Nel manga i Generali facenti parte della scuola di Cento sono solo tre: Falco (Luce Dorata), Shoky (Luce Rossa) e Sorya (Luce Purpurea), mentre nell'anime ne compaiono altri due: Tiger della Luce Verde e Bolts della Luce Azzurra. Questi due personaggi svolgono esattamente lo stesso ruolo occupato nel manga dai due figli di Jako, che nell'anime non sono presenti. I contenuti violenti del manga sono leggermente attenuati nell'anime: spesso il sangue è colorato di bianco o nero anziché di rosso.
Nell'anime, che termina con la morte di Caio, mancano i capitoli finali della saga, che negli anni diedero vita alla leggenda metropolitana della "terza serie di Kenshiro". Nelle battute finali del manga Ken istruisce il figlio di Raoh, Ryu, poi libera una nazione dalla tirannia di un ex seguace del Re di Hokuto che odia tutti gli dei, e infine perde la memoria. Burt si sacrifica al suo posto per placare la sete di sangue di un vecchio avversario che Kenshiro aveva accecato, ma Ken riacquista coscienza di sé appena in tempo per salvare il suo giovane amico.
